Чтобы сделать обновление через конфигуратор, сначала нужно скачать файл обновления 1С с официального сайта или с диска ИТС.
Скачиваем последний релиз платформы 1C
Если у Вас уже есть установочный файл, то переходите к следующему разделу «Установка».
Итак, заходим на сайт поддержки (https://users.v8.1c.ru/):

Вход на сайт поддержки 1С
Нас интересует раздел «Обновление программ».
На следующей странице сайта нужно ввести Логин и Пароль, которые Вы получили при заключении договора на информационно-технологическую поддержку (ИТС):

Авторизация для скачивания обновлений
Следующим шагом находим нужную нам конфигурацию. В нашем случае это Бухгалтерия предприятия 3.0:

Находим нужное нам решение.
Тут следует отметить один момент. Не все последние версии релизов могут подходить к Вашей текущей конфигурации. Поэтому если Вы давно не обновлялись, возможно придется скачать несколько версий. В списке релизов видно, какой к какому подходит.

Выбираем номер версии
В нашем случае подходит последний релиз 1С, его мы и будем использовать. В отличие от файла с обновлением платформы, обновления конфигураций находятся в архивах. Также желательно поместить его в чистый каталог и запустить. После того как он распакуется, запускаем файл setup.exe.
Произойдет установка обновления в указанный каталог. Как правило, это каталог по умолчанию, но можно указать и другой.
Теперь заходим в конфигуратор. Для входа потребуются права администратора для данной базы (конфигурации):

Запускаем конфигуратор.
Перед началом обновления всегда нужно сделать резервную копию базы.

Рекомендуется делать резервные копии на том диска, отличный от рабочего тома. Еще лучше делать резервные копии на другой физический носитель (другой диск или другое хранилище):

Выгрузка занимает некоторое время.

После того как база выгружена, переходим непосредственно к обновлению.
Если база еще по каким-то причинам не была открыта - необходимо ее открыть.

Далее переходим в "Конфигурация->Поддержка->Обновление конфигурации"

Далее необходимо выбрать источник обновления:

Также выбираем область поиска обновлений

Для того, чтобы обновление появилось в шаблонах его надо установить. Скачанный дистрибутив обновления необходимо распаковать и запустить:

В процедуре установки обновлений нет ничего особенного. После установки, доступные обновления появятся в списке:

В следующем окне появится информация о текущей конфигурации и новой конфигурации. Нажав "Обновить" процедура обновления запустится. В нижней левой части экрана можно увидеть прогресс процесса обновления.
Когда прогресс достигнет 100% можно увидеть следующую картинку:

Эта означает, что конфигурация 1С обновлена, но необходимо обновить конфигурацию самих данных в базе. Поэтому жмем на кнопку "Да". После обновления вы можете увидеть примерно следующую картину:

При нажатии кнопки "Принять" изменения в базе вступают в силу. Процедура так же может занять некоторое время. После завершения процедуры конфигуратор можно закрыть. Обновление завершено.
Важно помнить, что обновляться до последнего релиза может получиться не сразу. Для этого, возможно, придется процедуру повторить несколько раз, каждый раз обновляясь одним из промежуточных релизов.